Він народився у селі Пустовійтівка (тепер Роменського району Сумської області). Він був найстаршим сином, але не єдиним, в козацькій родині Івана Калнишевського. Перші докладні відомості про угодника Божого Петра датуються тільки 1754 роком, коли йому вже було близько 50 літ від народження. З нечисленних відомостей дізнаємося, що святий Петро був освіченою, як на той час, людиною, мав великий потяг до книг, любив їх читати і навіть прикрашати.
Вперше праведний Петро Калнишевський очолив Запорізьку Січ у 1762 році, але пробув на цій посаді менше року. У вересні 1762 року він, разом з військовим січовим писарем Іваном Глобою, зустрівся в москві з царицею Катериною ІІ. Відтоді, мабуть, праведник Божий потрапив у немилість імператриці. Знову його обрали у січні 1765 року і пробув він кошовим отаманом до 1775 року.
Останній кошовий Запорізької Січі Петро Калнишевський був глибоко віруючою людиною і багато допомагав церквам і монастирям України. При всіх 16 церквах, що діяли на землях «Вольностей Війська Запорозького» були церковно-парафіяльні та підвищеного типу школи. При храмах були шпиталі для немічних, старих і хворих, які утримувались на кошт святого праведника.
Бажаючи утвердити свою владу над Україною імператриця Катерина ІІ своїм указом 1764 року ліквідувала гетьманство, а 1775 року наказала ліквідувати й Запорізьку Січ. В ніч на 17 червня 1775 року 100-тисячна царська армія оточила Січ. На самій Січі кілька сотень душ лишилося, тому 84-річний кошовий отаман Петро Калнишевський розумів приреченість будь-якого опору. Будучи до глибини душі православним, праведний Петро Калнишевський не хотів пролиття християнської крови. Він здався царським військам. За наказом цариці праведного Петра було заслано в Соловецький монастир.
Відомо, що праведний Петро Калнишевський хотів дожити кінець життя свого у Межигірському Спасо-Преображенському монастирі, але злонаміри сильних світу цього розпорядилися по-іншому. Петро Калнишевський доживав свого страдницького життя в кам’яному напівпідвальному сирому холодному казематі. Тюремний режим праведного Петра Калнишевського відзначався особливою суворістю. За переказами останнього кошового виводили з камери до церкви лише тричі на рік – на Пасху Христову, Преображення Господнє і Різдво. Але в архівах не знайдено підтвердження навіть цього.
Лише указом нового імператора Олександра І від 2 квітня 1801 року святому Петру Калнишевському було «дароване прощення» і надане право обрати собі місце проживання на свободі за власним бажанням. Старожили монастиря розповідали, що «просидівши у в’язниці такий тривалий час він здичавів, став похмурий і втратив зір; що в нього, як у звіра виросли пазурі, довга борода і весь одяг на ньому, кафтан з гудзиками, розпався на шматки і спадав з плечей». Від нього тхнуло землею, але він не втратив розуму. Протягом всього часу ув’язнення праведник був одягнений у козацьке вбрання і завжди розмовляв українською мовою.
Святий праведний Петро Багатостраждальний відійшов до Господа 31 жовтня 1803 року. Ченці монастиря поховали його на почесному місці – на південному подвір’ї Спасо-Преображенського собору при Успенській церкві. Після того, як у 20-х – 30-х роках ХХ ст. на монастирському цвинтарі були влаштовані табірні городи, місце могили праведника було загублене, але до наших днів дійшла надмогильна плита з написом.
Своїм життям праведний Петро показав приклад великої любові до Бога і свого народу та краю. В любові до народу свого був подібний до святого апостола Павла, який писав: «Я жадав би сам бути відлученим від Христа за братів моїх, рідних по плоті» (Рим. 9, 3). Так само і святий цей праведник мав велику любов до свого народу по плоті. Тому і вибрав страждання, щоб перемогти неправду і беззаконня.