397-го року Іоан Златоуст стає патріархом (після смерті архієпископа Константинопольського Нектарія). На цій посаді Іоан починає вдосконалювати священство. Згодом він вступає у конфлікт з імператорською сім'єю. Імператриця затаїла сильний гнів на патріарха.
Тому його виганяють з міста. Однак, тієї ж ночі стається сильний землетрус і вмирає дитина імператора. Тому імператриця вирішує повернути Іоана назад. 406 року патріарх сильно захворів. Його переводять зі столиці до маленького містечка Піфіунта, куди він, виснажений хворобою, дістається три місяці. Недалеко від міста Комани під сильним дощем він помирає. Сталося це 407 року.
