За інформацією слідства, Шкіль під час виступу на форумі “Ми разом з Росією” 30 липня 2022 року в окупованому Херсоні заперечив мотив Росії захопити українські землі в ході повномасштабного вторгнення. Також, як стверджує слідство, Геннадій Шкіль процитував іншого священнослужителя, який заявляв, що “нема окремо України та Росії”. В подальшому він в інтерв’ю пропагандистському ТРК “Таврія” підтримав проведення незаконних місцевих виборів на ТОТ Херсонщини у 2023 року. Обидва виступи Шкіля були публічно поширені. За свої висловлювання священнику заочно загрожує кримінальна відповідальність. Триває досудове розслідування.